Erdi Aroan, Iruña hiru burgutan banatuta zegoen: San Zernin eta San Nikolas, non frankoak eta merkatariak bizi baitziren, eta Nabarreria, katedralari lotutako gune autoktonoa. Hiruren arteko tirabirek gatazkak eragin zituzten, Nabarreriako Gerra (1276) kasu. 1423an, Karlos III.a Nobleak Batasunaren Pribilegioa aldarrikatu zuen, eta hiru burguak udal eta armarri bakar batean batu zituen.
Erdi Aroan, Iruña ez zen hiri bateratua; mosaiko bat zen bereizita zeuden hiru burguek edo hiriguneek osatua. Mendeetan zehar tentsio eta lehia andana bizi izan bazituzten ere, hartu-emanean aritu ziren.
San Zernin (edo San Saturnino) burguan batez ere frankoak bizi ziren, Pirinioez bestaldetik iritsitako merkatariak eta artisauak. Dinamismo ekonomiko handia zutenez, burgu hori hiriko merkataritza-gune nagusia bihurtu zen.
San Nikolas hiria San Zernin burguaren ondoan sortu zen, eta han ere franko ugari zeudenez, artisautza- eta merkataritza-eremu garrantzitsua izan zen. Bi burguek kanpoan zuten jatorria, eta espiritu ekintzailea zuten, baina, batzuetan, lehian aritzen ziren.
Bestalde, Nabarreria auzorik zaharrena zen, bertakoak zeuden hor, katedralaren eta elizbarrutiaren ondoan sortu baitzen. Nafarroako herritarrak burgu horretan bizi ziren, eta Iruñeko botere erlijiosoari eta politikoari lotutako nortasun sendoa zuen.
Hiru burguen artean tirabira ugari egon ziren, eta, batzuetan, indarkeriazko gertakariak egon ziren, Nabarreriako gerra (1276), esaterako. Liskar horren ondorioz, auzo historiko hori suntsituta geratu zen. Azkenean, 1423an, Karlos III.a Nobleak Batasunaren Pribilegioa eman zuen, eta haren bidez hiri harresitu bakar batean bildu ziren San Zernin, San Nikolas eta Nabarreria. Harrezkero, Iruñeak liskarrez betetako mosaikoa izateari utzi eta hiri kohesionatua bihurtu zen, udal eta armarri bakarrarekin. Prozesu hori da Iruña modernoaren abiapuntua.