El PMCID cuenta con una línea de subvenciones dirigidas a ayuda humanitaria, que es aquella que se ofrece en situaciones límite provocadas por catástrofes naturales o conflictos de origen humano. Su objetivo básico es la atención de las necesidades básicas e inmediatas de las personas y comunidades afectadas. En este tipo de ayudas se incluyen, además de la atención inmediata de las necesidades básicas, actividades de rehabilitación y reconstrucción de las comunidades afectadas.