La organización municipal se establece a través de un Decreto de Alcaldía con fecha 27 de junio de 2011. En él se dispone que la organización de la administración del Ayuntamiento de Pamplona se estructura en las siguientes grandes unidades orgánicas, dependientes unas directamente del alcalde (Gabinete de Alcaldía, Dirección de la Asesoría Jurídica, Gerencia) y otras dependientes de los concejales delegados (áreas).
El Ayuntamiento de Pamplona se organiza en ocho áreas de gobierno que asumen las competencias que les otorga el propio decreto. Esas áreas son:
- Servicios Generales, que integra los órganos de gestión económico-financiera y presupuestaria, así como Intervención. A ella están adscritas Mercairuña S.A. y Comiruña S.A.
- Educación y Cultura, a la que se adscriben el organismo autónomo ‘Escuelas Infantiles de Pamplona’ y la Fundación Teatro Gayarre
- Seguridad y Cultura
- Empleo, Comercio y Turismo
- Proyectos y Conservación Urbana
- Urbanismo, Vivienda y Medio Ambiente, que integra la Oficina de Rehabilitación. A ella se adscriben el organismo autónomo ‘Gerencia de Urbanismo’, la sociedad mercantil Pamplona Centro Histórico S.A. y la Agencia Energética
- Participación Ciudadana, Juventud y Deporte
- Bienestar Social e Igualdad