La organización municipal actual se establece a través de un Decreto de Alcaldía con fecha 14 de septiembre de 2015. La Administración municipal se estructura en las siguientes grandes áreas orgánicas:
Área de Gobierno Transparente, que depende directamente del alcalde
Resto de áreas de gobierno, que dependen de los concejales y concejalas-delegadas, de acuerdo con las competencias a ellos atribuidas:
Área de Participación Cudadana, Igualdad y Empoderamiento Social
Área de Acción Social y Desarrollo Comunitario. A ella se adscribe la sociedad mercantil “Asistencia Municipal en casa, S.A.” (ASIMEC)
Área de Cultura, Política Lingüística, Educación y Deporte. A ella se adscribe el organismo autónomo “Escuelas Infantiles de Pamplona” y la “Fundación Teatro Gayarre”
Área de Ciudad Habitable y Vivienda. En ella se integra la Oficina de Rehabilitación. A ella se adscriben el organismo autónomo “Gerencia de Urbanismo” y la sociedad mercantil “Pamplona Centro Histórico, S.A.”
Área de Ecología Urbana y Movilidad. A ella se adscribe la “Agencia Energética – Energía Verde”
Área de Economía Local Sostenible. En ella se integran los órganos de gestión económico-financiera y presupuestaria, así como la Intervención. Y a ella están adscritas Mercairuña, S.A. y Comiruña, S.A.