Existen diferentes aparcamientos de pago en el centro de la ciudad, vigilados y abiertos durante las 24 horas del día. Estos aparcamientos se encuentran muy cerca de los principales puntos de interés turístico, cuentan con servicios complementarios, como por ejemplo aseos, y son accesibles para personas con movilidad reducida.
En la plaza del Castillo, corazón de la ciudad, existe un aparcamiento subterráneo con capacidad para 452 vehículos en rotación. Muy cerca se encuentra el aparcamiento de la avenida Carlos III, principal arteria comercial, en el que hay lugar para 290 coches. También muy cerca del centro se encuentra el aparcamiento de la Plaza de Toros, con 440 plazas de rotación, y el aparcamiento de Rincón de la Aduana, que cuenta con capacidad para 118 vehículos en rotación.
Un poco más alejado de la zona centro se halla el aparcamiento de la Audiencia, junto al Palacio de Justicia de Navarra, que cuenta con 244 plazas en rotación. Asimismo, también es posible estacionar en el aparcamiento del Complejo Hospitalario de Navarra, con capacidad para 1.290 vehículos.
Por otra parte, existe una aplicación móvil llamada Parkplona que ofrece información sobre las plazas libres disponibles en los aparcamientos de la ciudad, las plazas para personas con discapacidad y las zonas de aparcamiento de motos y bicicletas. La aplicación permite darse de alta en diferentes servicios de notificación por SMS del Ayuntamiento de Pamplona o consultar las incidencias que afecten a la circulación, y ofrece asimismo información relativa al servicio de alquiler de bicicletas municipal Nbici y sobre vehículos eléctricos. La aplicación puede descargarse para Apple y Andorid y también está disponible vía wap en castellano, euskera e inglés.