1512an, Gaztelako armadak, Fadrique Álvarez de Toledo Albako dukea buru zuela, Iruña konkistatu zuen. Hiria Fernando Katolikoa erregearen agintaritzapean jarri zen, aurka egin gabe. Erregearen izenean, dukeak agindu zien iruindarrei haien foruak, pribilegioak eta ohiturak errespetatuko zituztela. Urte berean, Gaztela konkistatu eta hilabete gutxira, 15.000 frantziar eta nafarrek osatutako armada boteretsu batek Iruña inguratu zuen, eta berriro konkistatzen saiatu ziren. Baina ez zuten lortu. Eraso hartan, hiriaren defentsak hobetu beharra zegoela ikusi zen, eta hala, Santiago gotorlekua eraikitzen hasi ziren 1513an, defentsa-gaietan azken berrikuntzak zituen artilleria-gaztelua.
1521eko maiatzaren 19an, Iruña errenditu egin zen 12.000 soldaduk osatutako kontingente frantziarrak tropa agramontarren laguntzarekin egin zuen erasoaren aurrean. Iñigo Loiolakoa, Nájerako dukearen aitoren semea, larriki zauritu zuten eskuineko hankan, gaztelua defendatzen ari zela. Frantziarrek harresiaren hormak hautsi zituzten, agerian utziz haien artilleria askozaz ere indartsuagoa zela, eta ondorioz, Gaztelako armadak errenditu egin behar izan zuen. Iruñeko defentsek, eta bereziki gazteluak, kalte handiak jasan zituzten.
1542an gerra hasi zenean (Italiako gerra, 1542-1546), enperadoreak Albako dukeari agindu zion hainbat gotorleku ikuskatzeko; haietako bat, Iruñekoa. Luis Pizaño ospe handiko ingeniaria aritu zen berarekin, izen handia baitzuen Espainiako gotorlekuen ezagutzagatik. Bisita horren ondorioz, hainbat hobekuntza egin ziren: bastioi gehiago eraiki eta kasamatak egin ziren haietan, artilleriako pieza gehiago jartzeko; Erdi Aroko dorre zaharrak eraitsi ziren; kanoi-zuloak eta parapetoak egin ziren. Gainera, horma lodiagoak egin eta ezpondak jarri ziren haietan, eta ateak itxi eta gotorlekuari kalte egiten zioten hainbat goragune edo “padrastro” zeritzenak kendu ziren.
Hobekuntzak egin baziren ere, Juan Bautista Antonelli ingeniariak txosten bat egin zuen 1569an, eta bertan ondorioztatu zuen Iruñearen defentsa-gaitasuna oso eskasa zela. “Gaztelu nagusi bat” egitea beharrezkoa zela adierazi zuen. Felipe II.ak, Antonelliren txostena aintzat hartuta, gaztelu bat diseinatzeko agindu zion garai hartako ingeniari ospetsuenari, Giacomo Palearo “Fratín” jaunari. 1571an, diseinatuta zegoen jada gaztelu errenazentista berria: Ziudadela. Eraikuntza-lanek 30 urte baino gehiago iraun zuten.
1588aren amaieran, Tiburcio Spannocchi etorri zen Iruñera, Felipe II.aren agintaldiko aditu handietako bat gotorleku-gaietan. Hobekuntzak proposatu zituen, bai Ziudadelan, bai harresi-barrutian, eta maketa batean islatu zituen. Felipe II.a erregea eta haren seme Felipe printzea Iruñera etorri ziren 1592an, Erresumaren Foruak zin egitera, eta bertatik bertara ikusi zituzten Ziudadela eraikitzeko lanak. Oso gustura gelditu ziren ikusi zutenarekin. 1601an, Felipe III.ak Espainiako erresumetako ingeniari nagusi izendatu zuen Spannocchi eta, hortaz, metropoliko eta itsasoz haraindiko gotorleku guztiak gainbegiratzea eta superintendentzia-lana egitea egokitu zitzaion.
1645ean amaitutzat eman ziren Ziudadela eraikitzeko lanak, baina kanpoaldeko bost ilargi-erdiak bukatu ondoren, defentsak perfekzionatzen jarraitu zuten XVII. eta XVIII. mendeetan. 1645. urtea igaro eta handik gutxira, adibidez, ilargi-erdiak txikiegiak zirela pentsatu zuten, eta, gainera, ez zutenez estaldurarik, zabaltzeko eta, bide batez, kanpoaldetik harlanduz estaltzeko proposamena egin zen.
Bestalde, Ziudadela barruko hornidura eskasa zela jo zen. 1646ko apirilaren 23an, Felipe IV.a erregea iritsi zen Iruñera, Baltasar Carlos printzearekin. Bisita horretatik gelditu zaigu Martínez del Mazo pintorearen margolana; bertan segizioa ageri da, Ziudadelako ate nagusiaren aurrean geldituta. Ziudadela eraiki ondoren, bi kontragoardia egin ziren lautada aldean: Santa Klara eta Santa Isabel. Horixe izan zen bertan egin zen aldaketarik handiena, hain zuzen. Esteban Escudero ingeniariaren ekarpena izan zen, Ziudadela eraiki eta handik gutxira egina, eta lan horien txostena 1685ekoa da. Defentsa horietan Enrique Benavides erregeordearen armarria dago landua.
1726. urtea mugarri oso garrantzitsua izan zen Iruñeko gotorlekuen historian: Jorge Próspero de Verboom ingeniariak Ziudadelarako eta plazarako (hiriaren barrutirako) proiektu orokor bat egin zuen, eta horri men egin zitzaion XVIII. mendean zehar.
Verboom XVII. mendeko gotorleku bastioidunak perfekzio gorenera eraman zituen Vauban ingeniari frantziarraren dizipulua zen, eta gotorleku-barruti bikoitza sortu zuen arrisku gehien zuten aldeetan, obra aurreratuen bidez; horiek barruti nagusitik defenda zitezkeen, eta elkar babesten zuten. Helburua: setiatzailearen erasoak berandutzea. Proiektu horrekin, gainera, orekan jarri zituen nolabait hiru faktore hauek: hiriaren garrantzi estrategikoa, erabilgarri zeuden bitarteko ekonomikoak, eta defendatzeko behar zen hornidura. Horrela eraiki ziren San Bartolome Gotorlekua, San Rokekoa eta Printzearena, baina lehenengoak bakarrik lortu du gaur egunera arte irautea.
XIX. mendearen amaieratik XX. mendearen hasierara bitarte aldaketak egin ziren, Iruñeak gaur egungo egitura lortu arte: bi zabalguneak eraiki ziren. Izan ere, Iruña harresituko jende-pilaketa eta higienerik eza saihesteko, harresiez haratago hazten hasi behar izan zuen hiriak.
1888an Ziudadelako bi baluarte eraitsi ziren (Garaipenarena eta San Anton), baita haien artean zegoen rebellina ere. Lehen Zabalgunea egin zen, estilo modernista eta eklektikoko burges-eraikinekin. 1915ean modu sinbolikoan hasitako eraisketa-lanari 1918tik 1921era bitarte eman zitzaion amaiera azkenean: hegoaldeko gotorleku guztiak kendu ziren, Ziudadelatik Labrit bastioiraino. Horiek desagertzeak Bigarren Zabalgunea diseinatu eta eraikitzeko aukera eman zuen.
1964an, armadak Iruñeko Udalari eman zion Ziudadela. Ekitaldi ofiziala 1966an egin zen. Data horrez geroztik, gotorlekua lehengoratzeko eta zaharberritzeko lanak egiten hasi ziren. Lan horiei esker, Monumentu Historiko Artistiko Nazional izendatu zuten Iruñeko Ziudadela 1973an.
Jada XXI. mendean, Iruñeko Udalak, Nafarroako Gobernuaren Vianako Printzea Erakundearen eta Espainiako Kultura Ministerioaren laguntzarekin, asmo handiko plangintza bat egin zuen gotorlekuak zaharberritzeko eta kontserbatzeko.
2005etik aurrera hainbat jarduketa egin ziren, hala gotorlekuak zaharberritu eta kontserbatzeko, nola irisgarritasuna eta mugikortasuna hobetzeko. Urteotan egin diren lanen artean aipatzekoa da lur azpiko autobus-geltoki berriaren eraikuntza. 2007an inauguratu zen, eta mugarri bat izan zen hirigintzaren arloan, modernitateak eta tradizioak bat egin zutelako bertan; izan ere, Santa Luziako rebellina agerian geratu zen berriro, eta Ziudadelako glazisaren parte handi bat berdegune gisa berreskuratu zen, hainbat urtez ibilgailuetarako lur gaineko aparkaleku izan ostean.
2011ko martxoan Iruñeko Harresien Interpretazio Zentroa inauguratu zen, San Bartolome Gotorleku berrituan. Urte berean amaitu ziren Santa Ana eta Santa Isabel rebellinak zaharberritzeko lanak, baita Socorro Atearenak ere, eta, horrela, guztiz amaitu ziren Ziudadelako kanpoko defentsak berritzeko lanak. 2013 eta 2014 artean Labrit bastioia zaharberritu zuten, hau da, harresi-barruti osoko zaharrena Redingo bastioiarekin batera.
Hortaz, hamarkada hau funtsezkoa izan da Iruñeko gotorleku-barrutirako, eta esan daiteke ia osorik zaharberrituta dagoela gaur egun. Iruñeko gotorleku-multzoa berreskuratu, zaharberritu, birgaitu eta bizitzaz zein jardueraz betetzeko ahalegin guztiok aintzat hartuak izan dira, Europa Nostra 2012 - Kultur Ondarearen Europar Batasuna sarietan kontserbazioko kategoriako saria eta publikoaren sari berezia jaso baitituzte.