La Constitución garantiza, en el artículo 140, la autonomía de los municipios. Éstos gozan de personalidad jurídica plena. Su gobierno y administración corresponde a sus respectivos ayuntamientos, integrados por los alcaldes y los concejales. Los concejales son elegidos por los vecinos del municipio mediante sufragio universal, igual, libre, directo y secreto; el alcalde es elegido por los concejales.
El Pleno, órgano de máxima representación política de los ciudadanos en el gobierno municipal, está integrado por los 27 corporativos electos y presidido por el alcalde. Entre otras atribuciones, le corresponde el control y la fiscalización de los órganos de gobierno, la aprobación del reglamento orgánico y de las ordenanzas, los acuerdos relativos a la delimitación y alteración del término municipal, la aprobación y modificación de los presupuestos o el planteamiento de conflictos de competencia a otras entidades locales o administraciones públicas.
El Alcalde es el presidente de la Corporación y se encarga de dirigir el gobierno y la administración municipal, representar al Ayuntamiento, convocar y presidir las sesiones del Pleno, dictar bandos y dirigir, inspeccionar e impulsar los servicios y obras municipales. Desempeña la jefatura superior de todo el personal y de la Policía Municipal. Le corresponde, asimismo, el nombramiento de los tenientes de alcalde, que le sustituyen en caso de ausencia, vacante o enfermedad. El Alcalde puede delegar competencias propias en concejales, que adoptarán el nombre de concejales-delegados, y que gozan de todas las facultades, derechos y deberes referidos a la materia delegada que corresponden al alcalde y son susceptibles de delegación. La organización general de la administración municipal se estructura en áreas de gestión, al frente de las cuales está un concejal.
La Junta de Gobierno Local está presidida por el alcalde y la integran un número de concejales no superior a un tercio del número total de los mismos. Sus funciones son, entre otras, la aprobación de proyectos de ordenanzas y de reglamentos, la aprobación del proyecto de presupuesto, la aprobación de proyectos de instrumentos de ordenación urbanística cuya aprobación corresponda al Pleno o la concesión de cualquier tipo de licencia, salvo que la legislación la atribuya a otro órgano.
El Pleno dispone de comisiones, formadas por los miembros que designen los grupos políticos en proporción al número de concejales electos, que se encargan del seguimiento de la gestión del alcalde y su equipo de gobierno. Actualmente existen las comisiones informativas de Presidencia y Cuentas -trata materias de las áreas de Presidencia, Hacienda Local, Seguridad Ciudadana, Participación Ciudadana y Nuevas Tecnologías, Comercio y Turismo, y las propias de la Comisión de Cuentas-, Servicios Ciudadanos -estudia las materias de Cultura , Desarrollo Sostenible, Bienestar Social y Deporte, Movilidad y Educación y Juventud- y Urbanismo -materias de Urbanismo y Vivienda, Proyectos Estratégicos y Conservación Urbana.
Los grupos o corporativos de la oposición participan en la actividad municipal bien a través del Pleno o mediante su intervención en las comisiones u otros órganos. El Ayuntamiento de Pamplona dispone de varios organismos municipales, como las Escuelas Infantiles, la Gerencia de Urbanismo, la Fundación Teatro Gayarre, la Agencia Energética de Pamplona o el Consejo de Cooperación al Desarrollo. También participa en otras empresas o instituciones, como Comiruña (100%), Mercairuña (51%), Animsa (74%), Convention Bureau (30%) y Pamplona Centro Histórico (100%).
